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引物設計要遵循五條原則

日期:2024-09-20 07:30
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摘要: 引物是決定PCR結果的關鍵,引物設計在PCR反應中極為重要。要保證PCR反應能準確、特異、有效地對模板DNA進行擴增,通常引物設計要遵循以下幾條原則: 1、引物的長度以15-30bp為宜,一般(G+C)的含量在45-55%,Tm值高于55℃[Tm=4(G+C)+2(A+T)]。應盡量避免數個嘌呤或嘧啶的連續(xù)排列,堿基的分布應表現(xiàn)出是隨機的。 2、引物的3’端不應與引物內部有互補,避免引物內部形成二級結構,兩個引物在3’端不應出現(xiàn)同源性,以免形成引物二聚體。3’端末位堿基在很大程度上影響著Taq酶的延伸效率。兩條引物間配對堿基數少于5個,...

引物是決定PCR結果的關鍵,引物設計在PCR反應中極為重要。要保證PCR反應能準確、特異、有效地對模板DNA進行擴增,通常引物設計要遵循以下幾條原則:

1、引物的長度以15-30bp為宜,一般(G+C)的含量在45-55%,Tm值高于55℃[Tm=4(G+C)+2(A+T)]。應盡量避免數個嘌呤或嘧啶的連續(xù)排列,堿基的分布應表現(xiàn)出是隨機的。

2、引物的3’端不應與引物內部有互補,避免引物內部形成二級結構,兩個引物在3’端不應出現(xiàn)同源性,以免形成引物二聚體。3’端末位堿基在很大程度上影響著Taq酶的延伸效率。兩條引物間配對堿基數少于5個,引物自身配對若形成莖環(huán)結構,莖的堿基對數不能超過3個由于影響引物設計的因素比較多,現(xiàn)常常利用計算機輔助設計。

3、人工合成的寡聚核苷酸引物需經PAGE或離子交換HPLC進行純化。

4、引物濃度不宜偏高,濃度過高有兩個弊端:一是容易形成引物二聚體(primer-dimer),二是當擴增微量靶序列并且起始材料又比較粗時,容易產生非特異性產物。一般說來,用低濃度引物不僅經濟,而且反應特異性也較好。一般用0.25-0.5pM/μl較好。

5、 引物一般用TE配制成較高濃度的母液(約100μM),保存于-20℃。使用前取出其中一部分用ddH2O配制成10μM或20μM的工作液。

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